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一文了解RNA提取实验操作步骤、注意事项

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发表于 2023-7-31 16:26:46 | 显示全部楼层 |阅读模式

来源:MDL科研助手、全国体外诊断网 CAIVD


试剂:氯仿,异丙醇,75℅乙醇,无RNase的水或0.5℅SDS(溶液均需用DEPC处理过的水配制)。




操作步骤:匀浆处理
a、植物组织
以叶片RNA提取为例.取新鲜叶片在液氮中充分研磨或将叶片剪碎后直接在Trizol中研磨,研磨要迅速,最好不要超过1min.,大约100mg 叶片使用1 ml Trizol。

b、动物组织
以鼠肝脏RNA提取为例.取新鲜或-70℃冻存组织,每50-100mg组织加1ml Trizol,用匀浆仪进行匀浆处理.样品体积一般不要超过Trizol体积的10%。

c、单层培养细胞
直接在培养板中加入Trizol裂解细胞,每10cm2面积加1ml Trizol.用取样器吹打几次.
注意:Trizol加量根据培养板面积决定,不是由细胞数决定.如果Trizol加量不足,可能导致提取的RNA中有DNA污染。

d、细胞悬液
离心取细胞,每5-10×106动物、植物和酵母细胞或每107细菌细胞加1ml Trizol。加Trizol前不要洗涤细胞,以免降解mRNA。一些酵母和细菌细胞可能需要匀浆仪处理。

e、血液处理
1.直接取新鲜的血液,加入3倍体积红细胞裂解液,混匀后室温放置10min,10 000rpm 离心1min。弃上清,收集白细胞沉淀。每1ml血液收集的白细胞沉淀中加入1ml Trizol。

2. 将匀浆样品在15-30℃放置5mim,使得核酸蛋白复合物完全分离。

3. 可选步骤:4 ℃ 10 000rpm离心10min,取上清。

如果样品中含有较多蛋白、脂肪、多糖或肌肉、植物结节部分等,可离心去除。离心得到的沉淀中包括细胞外膜、多糖、高分子量DNA,上清中含有RNA。处理脂肪组织样品时,上层是大量油脂,应除去。取澄清的匀浆溶液进行下一步操作。

4. 每使用1ml Trizol加0.2ml氯仿,盖好管盖,剧烈震荡15s,室温放置3min。如不能涡旋混匀,可手动颠倒混匀2min代替。

5. 4 ℃ 10 000rpm离心10-15min,样品会分成三层:红色的有机相,中间层和上层无色的水相,RNA主要在水相中,把水相(约600ul,约为所用Trizol试剂的60%)转移到新管中。(如要分离蛋白质和DNA,可保留黄色的有机相)

6. 在得到的水相溶液中加入等体积的异丙醇,混匀,-20℃ 放置20-30min。

植物或动物组织RNA提取中,容易沉淀出大量的蛋白等污染物,导致电泳检测时看不到RNA。可以按以下步骤操作减轻污染:在上清中加入1/2体积的异丙醇,1/2体积的RNA助沉剂,然后进行以下操作。

7. 4 ℃ 10 000rpm离心10min,去上清。

离心前RNA沉淀经常是看不见的,离心后在管侧和管底形成胶状沉淀。

8. 加入1ml 75%乙醇(DEPC水处理过的水配制)洗涤沉淀。每使用1ml Trizol至少加1ml乙醇。

9. 4 ℃ 10 000rpm离心2min,弃上清;短暂快速离心,用移液器小心吸弃上清,注意不要吸弃沉淀。

10. 室温放置晾干(不要晾得过干,RNA完全干燥后会很难溶解,大约晾干2-3min左右即可)。加入适量DEPC水(根据实验需要,可加30-100ul水)或0.5%SDS,用枪头吸打几次,充分溶解RNA。如RNA用于酶切反应,勿使用SDS溶液。RNA也可用100℅ 的去离子甲酰胺溶解,-70℃保存。

注意事项
1. 从少量样品中提取RNA(1-10mg组织或102-104细胞) :

加800ul Trizol,样品裂解后加氯仿,分层,沉淀RNA前,加5-10ug RNase-free糖原,糖原会与RNA一同沉淀出来,糖原浓度不高于4mg/ml时不会影响反转录cDNA第一链的合成,也不影响PCR反应。

2. 匀浆后,加氯仿前,样品可在-70 ℃放置一个月以上:

RNA沉淀可以保存在75%酒精中,2-8 ℃一个星期或-20 ℃一年以上。如果要长期保存,RNA可以溶解于100%去离子甲酰胺中,-70 ℃长期保存。

预防RNase污染,应注意以下几个方面
1. 经常更换新手套。因为皮肤经常带有细菌,可能导致RNase污染。

2. 使用无RNase的塑料制品和枪头,避免交叉污染。

3. RNA在Trizol试剂中不会被RNase降解。但提取后继续处理过程中应使用不含RNase的塑料和玻璃器皿。玻璃器皿可在150 ℃烘烤4h,塑料器皿可在0.5M NaOH中浸泡10min,然后用水彻底清洗,再灭菌,即可去除RNase。

4. 配制溶液应使用无RNase的水(将水加入到干净的玻璃瓶中,加入DEPC至中浓度0.1%(v/v),放置过夜,高压灭菌。注:DEPC有致癌之嫌,需小心操作)。

不同组织或细胞RNA提取预期得率
植物叶片 100-200ug/g叶片
动物组织 200-400ug/g肝脏组织
动植物培养细胞 5-10ug/106细胞
大肠杆菌 2-10ug/mlDH5α过夜菌
血液 3-5ug/ml人全血
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